A rajtot remekül kapta el az olasz, de Thomas Lüthi is az 5. helyről, és nem hagyta meglógni Simoncellit. Hector Barbera a 2. helyről indult, de beragadt a rajtnál, és csak a 9. helyen állt 1 kör megtétele után. A mezőny teljesen együtt haladt, Simoncelli, Lüthi, Debon, Kallio, Bautista és Pasini. Az első kieső Karel Abraham volt, a helyiek egyik kedvence. Debon közben Lüthit támadta, aki el is vétette a kanyart és elesett, a svájcinak a sóderágyban ért véget a brnoi verseny. Közben Kallio indult meg, az első 3 versenyző kicsit eltávolodott a mezőnytől, a finn és a 4. helyen haladó Bautista között már 2 másodperc volt a különbség. De a fiatal spanyol szektorról szektorra közeledett Kalliohoz.

14 körrel a verseny vége előtt Debonnak sikerült megelőznie Marco Simoncellit, aki persze nem hagyta magát, és próbálta visszavenni az első pozíciót. De az olasz nem tudta utolérni Alex Debont. Az első 5 versenyző szorosan együtt haladt: Debon, Simoncelli, Kallio, Bautista, Barbera. További 3 kör megtétele után Bautista már ott motorozott Kallio nyakán, a célegyenes végén pedig sikerült megelőznie a finnt. Simoncelli visszavette az első helyet Debontól, és amíg ők egymással voltak elfoglalva, Bautista utolérte őket, ám nem sikerült megelőznie Debont, aki viszont már Simoncellit támadta. Mindeközben Kallio érte utol az élen haladó triót, és Barbera sem szakadt le tőlük.

9 kör volt még hátra a brnoi versenyből, mikor Alex Debon újra megelőzte Simoncellit, aki ennek következtében el is rontotta a következő kanyart és ezt használta ki Bautista és leelőzte őt. Az olasz azonban nem érezhette biztonságban magát az őt üldöző Kalliotól sem. A hazaiak sztárja, Lukas Pesek ekkor csak a 12. helyen motorozott. Az első 5 még mindig szorosan együtt haladt, Simoncelli ment egy hatalmas időt, természetesen nem akarta elengedni Debont és Bautistát. Az ifjú spanyol közben folyamatosan támadta Debont. 6 körrel a verseny vége előtt Kallio egy kicsit már visszaesett, 1 másodperc volt a hátránya.

Alex Debont körök óta egyszerűen képtelenek voltak megelőzni, pedig Bautista és Simoncelli is folyamatosan ott volt a nyakán. 5 kör volt hátra a verseny leintéséig, amikor megkezdődött a harc a dobogós helyezésekért, és Simoncelli megelőzte Bautistát. Barbera közben már teljesen feljött Kalliora. A kör végén Bautista visszavette a 2. helyet Simoncellitől, Barbera pedig megelőzte Kalliot, aki rögtön vissza is előzte a Team Toth versenyzőjét.

3 körrel a kockás zászló előtt Barbera megelőzte Kalliot, Simoncelli pedig Bautistát. Debon közben egy kicsit meglógott, amíg az olasz és a spanyol egymással viaskodott. De Simoncelli mindent beleadott, és megpróbálta újra utolérni a spanyolt, ami sikerült is neki, és meg is előzte, így ismét Simoncelli haladt az élen. Bautista Debont támadta, és ki is fékezte őt, de a célegyenes előtti kanyarban Debon visszavette a helyét.

Hector Barbera indult meg az utolsó körben, és már Bautistát támadta, aki egy pillanatra ki is billent az egyensúlyából. Marco Simoncelli az utolsó kanyart elrontotta, így Debont intették le elsőnek, és még Bautista is megelőzte az olaszt, aki így csak a 3. helyen fejezte be a Cseh Nagydíjat.

A verseny végeredménye:

1   6  A.DEBON  APRILIA  41'08"168 
2  19  A.BAUTISTA  APRILIA  41'08"448 + 0"280 
3  58  M.SIMONCELLI  GILERA  41'08"493 + 0"325
4  21  H.BARBERA  APRILIA  41'08"995 + 0"827 
5  36  M.KALLIO  KTM  41'09"417 + 1"249 
6  72  Y.TAKAHASHI  HONDA  41'21"881 + 13"713 
7  75  M.PASINI  APRILIA  41'21"994 + 13"826 
8  55  H.FAUBEL  APRILIA  41'24"194 + 16"026 
9  15  R.LOCATELLI  GILERA  41'27"252 + 19"084 
10  41  A.ESPARGARO  APRILIA  41'28"860 + 20"692
11  14  R.WILAIROT  HONDA  41'37"663 + 29"495 
12  60  J.SIMON  KTM  41'37"940 + 29"772
13  4  H.AOYAMA  KTM  41'40"112 + 31"944 
14  52  L.PESEK  APRILIA  41'44"482 + 36"314  
15  25  A.BALDOLINI  APRILIA  41'51"919 + 43"751 
16  50  E.LAVERTY  APRILIA  41'54"732 + 46"564  
17  32  F.LAI  GILERA  42'03"759 + 55"591 
18  90  F.SANDI  APRILIA  42'03"872 + 55"704
19  45  D.PRADITA  YAMAHA  42'32"492 + 1'24"324 
20  94  T.WIRSING  HONDA  42'47"591 + 1'39"423  
21  7  R.GOMEZ  APRILIA  43'08"158 + 1'59"990
 
Nem fejezték be a versenyt:

12  T.LUTHI  APRILIA  6'16"122 3 kör  
17  K.ABRAHAM  APRILIA  4'17"490 2 kör  
54  M.POGGIALI  APRILIA  nem indult